《海底大作战》目前开放了三种游戏模式，分别是自由模式、团队模式和生存模式。顾名思义，自由模式是玩家单打独斗的模式，在游戏中所有玩家都是敌人，没有队友。团队模式则按照所有队友的累积得分决胜负。生存模式则是在生命值耗尽之后会退出游戏的模式。另外还有创建房间的选项让你和你的朋友们一起游戏。
自由模式是《海底大作战》最常见的模式，玩家在点击开始游戏后，会自动加入正在游戏的房间参与游戏，如果出现没有此类房间、已有房间满载和已有房间游戏即将结束的情况，则会开始一局新游戏。玩家在自由模式中可以以自己的独特外观进行游戏，不断吞食见到的所有小鱼，同时也要避开所有大鱼的攻击。最终成绩以个人能量值排名为准。
团队模式与自由模式的基本玩法相同，但是在团队模式中，玩家的所有个人装饰会失效，不管装备了哪一种战鱼，在团队模式中都会被随机分配。同一个队伍的玩家会使用相同的战鱼，这样在游戏中仅靠外观就能判断出敌我队伍。团队模式最需要的是沟通合作，勇于牺牲，因为最终成绩不看个人能量值，而是全队总计能量值。即使个人发挥再好，如果不能帮助队友建立优势，也未必能够获得第一。
在团队模式启动之前，会首先建立一个团战准备房间，加上房间发起人共有五个位置，最多可召集五名好友共同加入一场团队模式战斗，在此准备 过程加入游戏的所有玩家在进入游戏后会被分配到同一队伍当中。在准备界面的右侧可邀请游戏好友和战队队友加入房间。
生存模式是玩家等级达到10级才会开放的一种玩法。进入生存模式的战场是有门槛的，有两种入场方式，一种是门票入场，一种是金币入场。使用门票入场，每次需消耗一张门票。使用金币入场，每次需消耗350金币。
生存模式的门票可通过完成每日的四个任务来获得，完成后在人物界面右侧领取门票。进入游戏之后，画面左上角会有三个红心，代表初始拥有三个生命值。每被完全吞食一次消耗一点生命值，每完全吞食别人一次获得一点生命值。生命值耗尽会强制退出游戏。和其他模式不同的是，生存模式右上角不显示当前能量值，而是显示当前生命值。不过仍然是按照能量值排名的。
如果认为以上模式在建立房间的时候还有所不足，可以使用创建房间功能。创建房间可开启自由模式和团队模式，只有在这里才能邀请小伙伴一起进入自由模式游戏，但进入游戏之后仍然是各自为战的，每个房间最多容纳8个人，也可以在右侧邀请好友及战队成员。创建团队模式的功能就更强大了，共可以建立10个队伍，每个队伍可容纳五人，最多情况下可容纳40名玩家一起加入游戏。
千万不要小看游戏模式的区别，这与完成每日任务息息相关。比如在每日任务里，至少都有完成一次自由模式游戏和完成一次团队模式游戏的任务。有时还会有团战中满足某种条件的任务，只能在团队模式中完成。
